| PSV Eindhoven til 2. runde med sammenlagt 11-4 | |
|
| 25.09.1963 | Esbjerg - PSV Eindhoven 3-4 | | 09.10.1963 | PSV Eindhoven - Esbjerg 7-1 | |
| 4. | 1-0 | Carl Emil Christiansen | | 3. | 0-1 | Carl Bertelsen | |
| 8. | 2-0 | Ejgil Frandsen | | 4. | 1-1 | Pierre Kerkhoffs | |
| 31. | 2-1 | Bert Theunissen | | 8. | 2-1 | Bert Theunissen | |
| 46. | 2-2 | Pierre Kerkhoffs | | 22. | 3-1 | Piet Giessen | |
| 54. | 3-2 | Carl Bertelsen | | 36. | 4-1 | Pierre Kerkhoffs | |
| 57. | 3-3 | Pierre Kerkhoffs | | 69. | 5-1 | Piet Giessen | |
| 67. | 3-4 | Toon Brusselers | | 72. | 6-1 | Bert Theunissen | |
| | | | | 89. | 7-1 | Bert Theunissen | |
|
| Dinamo Bukarest til 2. runde med sammenlagt 3-0 | |
|
| 18.09.1963 | Dinamo Bukarest - Motor Jena 2-0 | | 25.09.1963 | Motor Jena - Dinamo Bukarest 0-1 | |
| 15. | 1-0 | Emil Petru | | 55. | 0-1 | Ion Tircovicnu | |
| 65. | 2-0 | Ion Pircalab | |
|
| Benfica til 2. runde med sammenlagt 8-3 | |
|
| 25.09.1963 | Distillery - Benfica 3-3 | | 02.10.1963 | Benfica - Distillery 5-0 | |
| 1. | 1-0 | John Kennedy | | 24. | 1-0 | Eusebio | |
| 15. | 1-1 | Manuel Serafim Pereira | | 37. | 2-0 | Antonio Simoes | |
| 35. | 2-1 | Kenneth Hamilton | | 65. | 3-0 | Eusebio | |
| 60. | 2-2 | Manuel Serafim Pereira | | 67. | 4-0 | Antonio Yauca | |
| 79. | 3-2 | Frederick Ellison | | 77. | 5-0 | Manuel Serafim Pereira | |
| 88. | 3-3 | Eusebio | |
|
| Dukla Prag til 2. runde med sammenlagt 8-0 | |
|
| 15.09.1963 | Dukla Prag - Valletta 6-0 | | 29.09.1963 | Valletta - Dukla Prag 0-2 | |
| 1. | 1-0 | Rudolf Kucera | | 74. | 0-1 | Jan Geleta | |
| 8. | 2-0 | Frantisek Safranek | | 81. | 0-2 | Josef Jelinek | |
| 55. | 3-0 | Jan Brumovsky | |
| 60. | 4-0 | Josef Jelinek | |
| 61. | 5-0 | Rudolf Kucera | |
| 71. | 6-0 | Rudolf Kucera | |
|
| FC Zürich til 2. runde med sammenlagt 4-2 | |
|
| 11.09.1963 | Dundalk - FC Zürich 0-3 | | 25.09.1963 | FC Zürich - Dundalk 1-2 | |
| 15. | 0-1 | Ferdinand Feller | | 20. | 0-1 | Dermott Cross | |
| 58. | 0-2 | Peter von Burg | | 60. | 0-2 | paddy Hasty | |
| 68. | 0-3 | Ferdinand Feller | | 75. | 1-2 | Ferdinand Feller | |
|
| Inter til 2. runde med sammenlagt 1-0 | |
|
| 11.09.1963 | Everton - Inter 0-0 | | 12.10.1963 | Inter - Everton 1-0 | |
| | | | | 46. | 1-0 | Jair | |
|
| Galatasaray til 2. runde med sammenlagt 4-2 | |
|
| 11.09.1963 | Galatasaray - Ferencvaros 4-0 | | 12.10.1963 | Ferencvaros - Galatasaray 2-0 | |
| 28. | 1-0 | Bahri Altintabak | | 21. | 1-0 | Florian Albert, straffe | |
| 50. | 2-0 | Metin Oktay | | 74. | 2-0 | Florian Albert | |
| 61. | 3-0 | Tarik Kutver | |
| 84. | 4-0 | Metin Oktay, straffe | |
|
| Real Madrid til 2. runde med sammenlagt 7-0 | |
|
| 25.09.1963 | Rangers - Real Madrid 0-1 | | 09.10.1963 | Real Madrid - Rangers 6-0 | |
| 86. | 0-1 | Ferenc Puskas | | 3. | 1-0 | Ferenc Puskas | |
| | | | | 10. | 2-0 | Evaristo | |
| | | | | 19. | 3-0 | Francisco Gento | |
| | | | | 24. | 4-0 | Ferenc Puskas | |
| | | | | 49. | 5-0 | Ferenc Puskas | |
| | | | | 78. | 6-0 | Felix Ruiz | |
|
| Gornik Zabrze til 2. runde med sammenlagt 3-2 | |
|
| 18.09.1963 | Gornik Zabrze - Austria Wien 1-0 | | 02.10.1963 | Austria Wien - Gornik Zabrze 1-0 | |
| 71. | 1-0 | Roman Lentner | | 46. | 1-0 | Johann Buzek | |
|
| 09.10.1963 | Gornik Zabrze - Austria Wien 2-1 | |
| 6. | 1-0 | Ernest Pol | |
| 30. | 2-0 | Jerzy Musialek | |
| 70. | 2-1 | Johann Geyer | |
|
| Jeunesse d'Esch til 2. runde med sammenlagt 5-4 | |
|
| 25.09.1963 | Haka Valkeakoski - Jeunesse D'Esch 4-1 | | 09.10.1963 | Jeunesse D'Esch - Haka Valkeakoski 4-0 | |
| 5. | 1-0 | Markku Kumpulampi | | 17. | 1-0 | Marcel Theis | |
| 10. | 1-1 | Marcel Theis | | 60. | 2-0 | Paul May | |
| 42. | 2-1 | Juha Peltonen | | 84. | 3-0 | Pierre Langer | |
| 68. | 3-1 | Markku Kumpulampi | | 85. | 4-0 | Marcel Theis | |
| 76. | 4-1 | Juha Peltonen | |
|
| Dortmund til 2. runde med sammenlagt 7-3 | |
|
| 11.09.1963 | Lyn Oslo - Dortmund 2-4 | | 02.10.1963 | Dortmund - Lyn Oslo 3-1 | |
| 16. | 0-1 | Lothar Emmerich | | 35. | 1-0 | Friedhelm Konietzka | |
| 22. | 1-1 | Harald Berg | | 48. | 2-0 | Friedhelm Konietzka | |
| 23. | 2-1 | Ole Stavrum | | 60. | 3-0 | Gerhard Cyliax | |
| 60. | 2-2 | Alfred Schmidt | | 63. | 3-1 | Ole Stavrum | |
| 66. | 2-3 | Lothar Emmerich | |
| 76. | 2-4 | Lothar Emmerich | |
|
| Monaco til 2. runde med sammenlagt 8-3 | |
|
| 18.09.1963 | Monaco - AEK Athen 7-2 | | 02.10.1963 | AEK Athen - Monaco 1-1 | |
| 9. | 1-0 | Lucien Cossou | | 60. | 1-0 | Emilios Theofanidis | |
| 17. | 2-0 | Yvon Douis | | 89. | 1-1 | Theo, straffe | |
| 22. | 3-0 | Karimou Dijbrill | |
| 31. | 4-0 | Lucien Cossou | |
| 42. | 5-0 | Lucien Cossou | |
| 57. | 6-0 | Lucien Cossou | |
| 80. | 6-1 | Kostandinos Nestoridis | |
| 82. | 6-2 | Theofanis Tasimos | |
| 87. | 7-2 | Yvon Douis | |
|
| Partizan Beograd til 2. runde med sammenlagt 6-1 | |
|
| 11.09.1963 | Partizan Beograd - Anorthosis 3-0 | | 01.10.1963 | Anorthosis - Partizan Beograd 1-3 | |
| 50. | 1-0 | Vladimir Kovacevic, straffe | | 20. | 1-0 | Kostas Costakis | |
| 65. | 2-0 | Vladimir Kovacevic | | 25. | 1-0 | Milan Galic | |
| 83. | 3-0 | Milan Galic | | 53. | 1-0 | Mane Bajic | |
| | | | | 85. | 1-0 | Vladimir Kovacevic | |
|
| Spartak Plovdiv til 2. runde med sammenlagt 3-2 | |
|
| 11.09.1963 | Partisan Tirana - Spartak Plovdiv 1-0 | | 02.10.1963 | Spartak Plovdiv - Partisan Tirana 3-1 | |
| 65. | 1-0 | Panajor Pano | | 9. | 1-0 | Zonio Stoianov | |
| | | | | 37. | 2-0 | Hristo Disokov | |
| | | | | 40. | 2-1 | Panajor Panajot | |
| | | | | 67. | 3-1 | Todor Diev | |
|
| IFK Norrköping til 2. runde med sammenlagt 2-1 | |
|
| 25.09.1963 | Standard Liége - IFK Norrköping 1-0 | | 03.10.1963 | IFK Norrköping - Standard Liëge 2-0 | |
| 6. | 1-0 | Louis Pilot | | 41. | 1-0 | Ove Kindvall | |
| | | | | 60. | 2-0 | Örjan Martinsson | |
|
|
|