| PSV Eindhoven til kvartfinaler med sammenlagt 1-0 | |
|
| 13.11.1963 | Spartak Plovdiv - PSV Eindhoven 0-1 | | 27.11.1963 | PSV Eindhoven - Spartak Plovdiv 0-0 | |
| 88. | 0-1 | Pierre Kerkhoffs | |
|
| Real Madrid til kvartfinaler med sammenlagt 8-4 | |
|
| 13.11.1963 | Dinamo Bukarest - Real Madrid 1-3 | | 18.11.1963 | Real Madrid - Dinamo Bukarest 5-3 | |
| 20. | 0-1 | Felix Ruiz | | 3. | 1-0 | Felix Ruiz | |
| 43. | 0-2 | Alfredo di Stefano | | 15. | 2-0 | Alfredo di Stefano | |
| 86. | 1-2 | Ion Tircovicnu | | 38. | 2-1 | Ion Nunweiller | |
| 87. | 1-3 | Francisco Gento | | 47. | 2-2 | Constantin Fratila | |
| | | | | 51. | 3-2 | Amancio Amaro | |
| | | | | 60. | 4-2 | Ignacio Zoco | |
| | | | | 63. | 5-2 | Ferenc Puskas | |
| | | | | 71. | 5-3 | Ion Pircalab, straffe | |
|
| Dortmund til kvartfinaler med sammenlagt 6-2 | |
|
| 06.11.1963 | Benfica - Dortmund 2-1 | | 04.12.1963 | Dortmund - Benfica 5-0 | |
| 46. | 1-0 | Antonio Simoes | | 33. | 1-0 | Friedhelm Konietzka | |
| 54. | 1-1 | Reinhold Wosab | | 35. | 2-0 | Franz Brungs | |
| 67. | 2-1 | Eusebio | | 37. | 3-0 | Franz Brungs | |
| | | | | 47. | 4-0 | Franz Brungs | |
| | | | | 58. | 5-0 | Reinhold Wosab | |
|
| Dukla Prag til kvartfinaler med sammenlagt 4-3 | |
|
| 13.11.1963 | Gornik Zabrze - Dukla Prag 2-0 | | 20.11.1963 | Dukla Prag - Gornik Zabrze 4-1 | |
| 5. | 1-0 | Jerzy Musialek | | 18. | 1-0 | Rudolf Kucera | |
| 49. | 2-0 | Wlodzimierz Lubanski | | 19. | 2-0 | Josef Masopust | |
| | | | | 38. | 3-0 | Josef Jelinek | |
| | | | | 48. | 4-0 | Rudolf Kucera | |
| | | | | 56. | 4-1 | Zygfryd Szotysik | |
|
| FC Zürich til kvartfinaler med sammenlagt 4-4 (vandt på lodtrækning) | |
|
| 14.11.1963 | FC Zürich - Galatasaray 2-0 | | 27.11.1963 | Galatasaray - FC Zürich 2-0 | |
| 20. | 1-0 | Rosario Martinelli | | 9. | 1-0 | Metin Oktay | |
| 83. | 2-0 | Klaus Stürmer | | 80. | 2-0 | Metin Oktay , straffe | |
|
| 11.12.1963 | FC Zürich - Galatasaray 2-2 (0-0;1-1) Efter forlænget spilletid | |
| 75. | 1-0 | Peter von Burg | |
| 85. | 1-1 | Metin Oktay | |
| 92. | 1-2 | Metin Oktay | |
| 117. | 2-2 | Werner Leimgruber | |
|
| Inter til kvartfinaler med sammenlagt 4-1 | |
|
| 27.11.1963 | Inter - Monaco 1-0 | | 04.12.1963 | Monaco - Inter 1-3 | |
| 68. | 1-0 | Nicola Ciccolo | | 13. | 0-1 | Sandro Mazzola | |
| | | | | 18. | 0-2 | Sandro Mazzola | |
| | | | | 57. | 1-2 | Theo, straffe | |
| | | | | 90. | 1-3 | Luis Suarez | |
|
| Partizan Beograd til kvartfinaler med sammenlagt 7-4 | |
|
| 20.11.1963 | Jeunesse D'Esch - Partizan Beograd 2-1 | | 27.11.1963 | Partizan Beograd - Jeunesse D'Esch 6-2 | |
| 19. | 1-0 | Paul May | | 18. | 1-0 | Vladimir Kovacevic | |
| 33. | 1-1 | Milan Galic (33) ; 2-1 Marcel Theis (82) | | 20. | 1-1 | Pierre Langer | |
| 82. | 2-1 | Marcel Theis (82) | | 43. | 2-1 | Vladimir Kovacevic | |
| | | | | 45. | 3-1 | Zvezdan Cebinac | |
| | | | | 57. | 4-1 | Milan Galic | |
| | | | | 60. | 4-2 | Jacques Bach | |
| | | | | 66. | 5-2 | Vladimir Kovacevic | |
| | | | | 77. | 6-2 | Vladimir Kovacevic | |
|
| Milan til kvartfinaler med sammenlagt 6-3 | |
|
| 27.11.1963 | IFK Norrköping - Milan 1-1 | | 04.12.1963 | AC Milan - IFK Norrk ping 5-2 | |
| 59. | 1-0 | Björn Nordqvist | | 30. | 0-1 | Örjan Martinsson | |
| 84. | 1-1 | Giuliano Fortunato | | 34. | 1-1 | José Altafini | |
| | | | | 38. | 2-1 | José Altafini | |
| | | | | 45. | 3-1 | Selvmål, Björn Nordqvist | |
| | | | | 50. | 4-1 | Gianni Rivera | |
| | | | | 77. | 5-1 | José Altafini | |
| | | | | 88. | 5-2 | Selvmål, Mario Trebbi | |
|
|
|