| Lyon til 2. runde med sammenlagt 6-2 | |
|
| 09.10.1963 | Lyon - B1913 3-1 | | 16.10.1963 | B1913 - Lyon 1-3 | |
| 10. | 1-0 | Nestor Combin | | 10. | 1-0 | Kurt Grønning | |
| 14. | 2-0 | Fleury Di Nallo | | 15. | 1-1 | Fleury Di Nallo | |
| 44. | 2-1 | Jørgen Rasmussen | | 20. | 1-2 | Nestor Combin | |
| 55. | 3-1 | Georges Taberner | | 87. | 1-3 | Nestor Combin | |
|
| Apoel Nicosia til 2. runde med sammenlagt 7-0 | |
|
| 08.09.1963 | Apoel Nicosia - Gjøvik Lyn 6-0 | | 28.09.1963 | Gjøvik Lyn - Apoel Nicosia 0-1 | |
| 15. | 1-0 | Takis Chailis | | 48. | 0-1 | Savvas Partakis | |
| 61. | 2-0 | Takis Chailis | |
| 67. | 3-0 | Nikos Agathokleous | |
| 78. | 4-0 | Marios Papallos | |
| 80. | 5-0 | Takis Chailis | |
| 86. | 6-0 | Nikos Kantzilieris | |
|
| Sporting CP til 2. runde med sammenlagt 6-4 | |
|
| 04.09.1963 | Atalanta - Sporting CP 2-0 | | 09.10.1963 | Sporting CP - Atalanta 3-1 | |
| 74. | 1-0 | Salvador Calvanese | | 5. | 1-0 | Figueiredo | |
| 85. | 2-0 | Angelo Domenghini | | 18. | 1-1 | Kurt Christensen | |
| | | | | 63. | 2-1 | Domingos Mascarenhas | |
| | | | | 77. | 3-1 | Be | |
|
| 14.10.1963 | Sporting CP - Atalanta 3-1 (1-1;1-1) Efter forlænget spilletid | |
| 21. | 0-1 | Enrico Nova | |
| 24. | 1-1 | Domingos Mascarenhas | |
| 94. | 2-1 | Lucio | |
| 172. | 3-1 | Domingos Mascarenhas | |
|
| Celtic til 2. runde med sammenlagt 10-1 | |
|
| 17.09.1963 | FC Basel - Celtic 1-5 | | 09.10.1963 | Celtic - FC Basel 5-0 | |
| 21. | 0-1 | John Divers | | 2. | 1-0 | Jimmy Johnstone | |
| 42. | 0-2 | Yogi Hughes | | 41. | 2-0 | John Divers | |
| 53. | 0-3 | Bobby Lennox | | 62. | 3-0 | Bobby Murdoch | |
| 65. | 0-4 | Yogi Hughes | | 78. | 4-0 | Stevie Charniers | |
| 78. | 0-5 | Yogi Hughes | | 89. | 5-0 | John Divers | |
| 79. | 1-5 | Heinz Blumer | |
|
| Fenerbahce til 2. runde med sammenlagt 4-2 | |
|
| 12.09.1963 | Fenerbahce - Petrolul Ploiesti 4-1 | | 16.10.1963 | Petrolul Ploiesti - Fenerbahce 1-0 | |
| 55. | 1-0 | Birol Pekel | | 16. | 1-0 | Mircea Dridea | |
| 56. | 2-0 | Selim Soydan | |
| 68. | 3-0 | Senol Birol | |
| 70. | 4-0 | Nedim Docan | |
| 74. | 4-1 | Mircea Dridea | |
|
| Hamburger SV til 2. runde med sammenlagt 7-2 | |
|
| 25.09.1963 | Hamburger SV - US Luxembourg 4-0 | | 02.10.1963 | US Luxembourg - Hamburger SV 2-3 | |
| 28. | 1-0 | Fritz Boyens | | 20. | 0-1 | Willi Giesemann | |
| 32. | 2-0 | Fritz Boyens | | 62. | 0-2 | Willi Giesemann | |
| 38. | 3-0 | Uwe Seeler | | 70. | 1-2 | Constant Winandy | |
| 63. | 4-0 | Fritz Boyens | | 83. | 1-3 | Jürgen Kurbjuhn | |
| | | | | 88. | 2-3 | Guy Bernardin | |
|
| Dinamo Zagreb videre til 2. runde med sammenlagt 2-2 (vandt på lodtrækning) | |
|
| 09.10.1963 | LASK Linz - Dinamo Zagreb 1-0 | | 16.10.1963 | Dinamo Zagreb - LASK Linz 1-0 | |
| 32. | 1-0 | Hermann Fürst | | 48. | 1-0 | Stejpan Lamza | |
|
| 23.10.1963 | LASK Linz - Dinamo Zagreb 1-1 (0-0 ; 1-1) Efter forlænget spilletid | |
| 36. | 0-1 | Zdravko Raus | |
| 49. | 1-1 | Chico | |
|
| MTK Budapest til 2. runde med sammenlagt 2-1 | |
|
| 02.10.1963 | MTK Budapest - Slavia Sofia 1-0 | | 09.10.1963 | Slavia Sofia - MTK Budapest 1-1 | |
| 8. | 1-0 | Karoly Sandor | | 6. | 1-0 | Mihail Mishev | |
| | | | | 36. | 1-1 | Istvan Kuti | |
|
| Olympiakos Piræus til 2. runde med sammenlagt 4-2 | |
|
| 25.09.1963 | Olympiakos Piræus - Zaglebie Sosnowiec 2-1 | | 02.10.1963 | Zaglebie Sosnowiec - Olympiakos Piræus 1-0 | |
| 47. | 1-0 | Giorgos Sideris | | 40. | 1-0 | Ryszard Krawiarz | |
| 63. | 2-0 | Giorgos Sideris | | | | | |
| 86. | 2-1 | Ginter Piecyk | | | | | |
|
| 23.10.1963 | Olympiakos Piræus - Zaglebie Sosnowiec 2-0 | |
| 30. | 1-0 | Giorgos Sideris | |
| 52. | 2-0 | Argyris Neotoristos | |
|
| Slovan Bratislava til 2. runde med sammenlagt 12-2 | |
|
| 15.09.1963 | Helsinki PS - Slovan Bratislava 1-4 | | 19.10.1963 | Slovan Bratislava - Helsinki PS 8-1 | |
| 7. | 0-1 | Pavol Molnar | | 20. | 1-0 | Jozef Obert | |
| 13. | 0-2 | Jozef Obert | | 56. | 2-0 | Anton Moravcik | |
| 19. | 0-3 | Jozef Obert | | 57. | 3-0 | Anton Moravcik | |
| 51. | 0-4 | Zdeno Velecky | | 62. | 4-0 | Ludovit Cvetler | |
| 72. | 1-4 | Pentti Rautiainen | | 65. | 5-0 | Zdeno Velecky | |
| | | | | 70. | 6-0 | Ivan Hrdlicka | |
| | | | | 76. | 7-0 | Zdeno Velecky | |
| | | | | 81. | 8-0 | Jozef Obert | |
| | | | | 84. | 8-1 | Vilho Raatikainen | |
|
| FC Barcelona til 2. runde med sammenlagt 5-1 | |
|
| 24.09.1963 | Shelbourne - FC Barcelona 0-2 | | 15.10.1963 | FC Barcelona - Shelbourne 3-1 | |
| 48. | 0-1 | Zaldua | | 30. | 0-1 | Pat Bonham | |
| 77. | 0-2 | Pereda | | 36. | 1-1 | Sandor Kocsis | |
| | | | | 79. | 2-1 | Fusté | |
| | | | | 80. | 3-1 | Cayetano Re | |
|
| Borough United til 2. runde med sammenlagt 2-0 | |
|
| 15.09.1963 | Sliema Wanderers - Borough United 0-0 | | 03.10.1963 | Borough United - Sliema Wanderers 2-0 | |
| | | | | 35. | 1-0 | Gerry Duffy | |
| | | | | 57. | 2-0 | Michael Pritchard (57) | |
|
| Manchester United til 2. runde med sammenlagt 7-2 | |
|
| 25.09.1963 | Willem II - Manchester United 1-1 | | 15.10.1963 | Manchester United - Willem II 6-1 | |
| 9. | 1-0 | Frits Louer | | 7. | 1-0 | Maurice Setters | |
| 11. | 1-1 | David Herd | | 12. | 2-0 | Denis Law | |
| | | | | 19. | 3-0 | Denis Law | |
| | | | | 36. | 3-1 | Selvmål, Noel Cantwell | |
| | | | | 63. | 4-1 | Bobby Charlton | |
| | | | | 68. | 5-1 | Phil Chisnall | |
| | | | | 70. | 6-1 | Denis Law | |
|
|
|