| Lyon til kvartfinale med sammenlagt 5-3 | |
|
| 20.11.1963 | Lyon - Olympiakos Piræus 4-1 | | 30.11.1963 | Olympiakos Piræus - Lyon 2-1 | |
| 19. | 1-0 | Nestor Combin | | 16. | 1-0 | Giorgis Sideris | |
| 22. | 1-1 | Aristeidis Papazoglou | | 55. | 2-0 | Panagiotis Kyprianidis | |
| 33. | 2-1 | Nestor Combin | | 85. | 2-1 | Nestor Combin | |
| 54. | 3-1 | Nestor Combin, straffe | |
| 89. | 4-1 | Marcel Le Borgne | |
|
| Sporting CP til kvartfinale med sammenlagt 18-1 | |
|
| 13.11.1963 | Sporting CP - Apoel Nicosia 16-1 | | 20.11.1963 | Apoel Nicosia - Sporting CP 0-2 | |
| 5. | 1-0 | Domingos Mascarenhas | | 37. | 0-1 | Augusto Martins | |
| 7. | 2-0 | Fernando | | 54. | 0-2 | Domingos Mascarenhas | |
| 20. | 3-0 | Domingos Mascarenhas | |
| 24. | 3-1 | Solis Andreou | |
| 27. | 4-1 | Domingos Mascarenhas | |
| 35. | 5-1 | Mario Lino | |
| 36. | 6-1 | Louro | |
| 48. | 7-1 | José Peridis | |
| 57. | 8-1 | Domingos Mascarenhas | |
| 64. | 9-1 | Augusto Martins | |
| 65. | 10-1 | Fernando | |
| 67. | 11-1 | Figueiredo | |
| 72. | 12-1 | Figueiredo | |
| 76. | 13-1 | Figueiredo | |
| 81. | 14-1 | Augusto Martins | |
| 84. | 15-1 | Domingos Mascarenhas | |
| 88. | 16-1 | Domingos Mascarenhas | |
|
| Celtic til kvartfinale med sammenlagt 4-2 | |
|
| 04.12.1963 | Celtic - Dinamo Zagreb 3-0 | | 11.12.1963 | Dinamo Zagreb - Celtic 2-1 | |
| 10. | 1-0 | Stevie Chalmers | | 40. | 0-1 | Bobby Murdoch | |
| 13. | 2-0 | Stevie Chalmers | | 63. | 1-1 | Stejpan Lamza | |
| 62. | 3-0 | Yogi Hughes | | 85. | 2-1 | Slaven Zambata | |
|
| Fenerbahce til kvartfinale med sammenlagt 4-3 | |
|
| 13.11.1963 | Fenerbahce - Linfield 4-1 | | 11.12.1963 | Linfield - Fenerbahce 2-0 | |
| 4. | 1-0 | Ogün Altiparmak | | 21. | 1-0 | Billy Craig | |
| 34. | 2-0 | Senol Birol | | 59. | 2-0 | Billy Ferguson | |
| 52. | 3-0 | Senol Birol | |
| 76. | 4-0 | Senol Birol | |
| 85. | 5-1 | Tommy Dickson | |
|
| Hamburger SV til kvartfinale med sammenlagt 7-6 | |
|
| 20.11.1963 | FC Barcelona - Hamburger SV 4-4 | | 11.12.1963 | Hamburger SV - FC Barcelona 0-0 | |
| 18. | 0-1 | Uwe Seeler | |
| 24. | 1-1 | Pereda | |
| 33. | 1-2 | Charly Dörfel | |
| 37. | 2-2 | Fusté, straffe | |
| 50. | 3-2 | Zaballa | |
| 61. | 3-3 | Selvmål, Eladio | |
| 71. | 3-4 | Uwe Seeler | |
| 82. | 4-4 | Fusté | |
|
| 18.12.1963 | Hamburger SV - FC Barcelona 3-2 | |
| 52. | 1-0 | Harry Bähre | |
| 62. | 1-1 | Sandor Kocsis | |
| 64. | 1-2 | Sandor Kocsis | |
| 66. | 2-2 | Uwe Seeler | |
| 83. | 3-2 | Uwe Seeler | |
|
| MTK Budapest til kvartfinale med sammenlagt 2-1 | |
|
| 20.11.1963 | Motor Zwickau - MTK Budapest 1-0 | | 30.11.1963 | MTK Budapest - Motor Zwickau 2-0 | |
| 51. | 1-0 | Peter Henschel | | 61. | 1-0 | Ferenc Kovacs | |
| | | | | 71. | 2-0 | Laszlo Bödör | |
|
| Slovan Bratislava til kvartfinale med sammenlagt 4-0 | |
|
| 11.12.1963 | Borough United - Slovan Bratislava 0-1 | | 15.12.1963 | Slovan Bratislava - Borough United 3-0 | |
| 51. | 0-1 | Pavol Molnar | | 52. | 1-0 | Pavol Molnar | |
| | | | | 59. | 2-0 | Pavol Molnar | |
| | | | | 72. | 3-0 | Anton Moravcik | |
|
| Manchester United til kvartfinale med sammenlagt 4-3 | |
|
| 03.12.1963 | Tottenham - Manchester United 2-0 | | | Manchester United - Tottenham 4-1 | |
| 67. | 1-0 | Dave MacKay | | 6. | 1-0 | David Herd | |
| 86. | 2-0 | Terry Dyson | | 54. | 2-0 | Maurice Setters | |
| | | | | 59. | 2-1 | Jimmy Greaves | |
| | | | | 77. | 3-1 | Bobby Charlton | |
| | | | | 83. | 4-1 | Bobby Charlton | |
|
|
|