| AB til 2. runde med sammenlagt 4-3 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | FC Zürich - AB   1-3
 |   |  |  | 0-1 Flemming Hansen (22) ; 0-2 Finn Wiberg (25) ; 1-2 Christian Winiger (50) ; 1-3 Johnny Petersen (62)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | AB - FC Zürich   1-2
 |   |  |  | 0-1 Fritz Künzli (42) ; 1-1 Johhny Petersen (53) ; Fritz Künzli (80)
 |   | 
  
 | AEK Athen til 2. runde med sammenlagt 5-3 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | AEK Athen - Jeunesse D'Esch   3-0
 |   |  |  | 1-0 Dimitrios Papaioanou (27) ; 2-0 Konstandinos Papayeorgiou, straffe (57) ; 3-0 Yeorgios Karafeskos, straffe (59)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Jeunesse D'Esch - AEK Athen   3-2
 |   |  |  | 1-0 Jean-Pierre Hoffmann (5) ; 1-1 Panayotis Venturis (15) ; 1-2 Panayotis Venturis (35) ; 2-2 Daniel Drouet (45) ; 3-2 Pierre Langer (87)
 |   | 
  
 | Anderlecht til 2. runde med sammenlagt 5-2 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Anderlecht - Glentoran   3-0
 |   |  |  | 1-0 Gerard Bergholtz (18) ; 2-0 Alfons Peeters (23) ; 3-0 Thomas Nordahl (87)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Glentoran  - Anderlecht   2-2
 |   |  |  | 0-1 Johan Devrindt (24) ; 1-1 Thomas Morrow (27) ; 2-1 John Johnston (55) ; 2-2 Gerard Bergholtz (58)
 |   | 
  
 | Reipas Lahti til 2. runde med sammenlagt 3-1 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Floriana - Reipas Lahti   1-1
 |   |  |  | 0-1 Topi Aalto (28) ; 1-1 Joseph Galea, straffe (37)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Reipas Lahti - Floriana   2-0
 |   |  |  | 1-0 Hannu Holtari (56) ; 2-0 Hannu Holtari (57)
 |   | 
  
 | AC Milan til 2. runde med sammenlagt 5-3 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Malmö FF - AC Milan   2-1
 |   |  |  | 1-0 Curt Olsberg (45) ; 2-0 Bertil Elmstedt (50) ; 2-1 Gianni Rivera (58)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | AC Milan - Malmö FF   4-1
 |   |  |  | 0-1 Anders Ljungberg (16) ; 1-1 Pierino Prati (32) ; 2-1 Angelo Sormani (62) ; 3-1 Pierino Prati (69) ; 4-1 Gianni Rivera, straffe (88)
 |   | 
  
 | Fenerbahce til 2. runde med sammenlagt 2-1 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Manchester City - Fenerbahce   0-0
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Fenerbahce - Manchester City   2-1
 |   |  |  | 0-1 Anthony Coleman (11) ; 1-1 Abdullah Cevrim (48) ; 2-1 Ogün Altiparmak (76)
 |   | 
  
 | Ajax til 2. runde med sammenlagt 5-1 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | FC Nürnberg - Ajax   1-1
 |   |  |  | 1-0 Georg Volkert (6) ; 1-1 Johan Cruyff (80)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Ajax - FC Nürnberg   4-0
 |   |  |  | 1-0 Sjaak Swart (22) ; 2-0 Sjaak Swart (59) ; 3-0 Henk Groot, straffe (85) ; 4-0 Johan Cruyff (90)
 |   | 
  
 | Real Madrid til 2. runde med sammenlagt 12-0 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Real Madrid - AEL Limassol   6-0
 |   |  |  | 1-0 Pirri (11) ; 2-0 Pirri (14) ; 3-0 Amancio Amaro (17) ; 4-0 Miguel Perez (28) ; 5-0 Pirri (62) ; 6-0 Manuel Bueno (73)
 |  | 
 |   | 26.09.1968 | AEL Limassol - Real Madrid   0-6
 |   |  |  | 1-0 Manuel Velazquez (7) ; 2-0 Jose Luis Lopez (10) ; 3-0 Manuel Velasquez (11) ; 4-0 Jose Luis Veloso (83) ; 5-0 Gerardo Ortega (86) ; 6-0 Fernando Zunzunegui (89)
 |   | 
  
 | Rapid Wien til 2. runde med sammenlagt 6-4 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Rosenborg - Rapid Wien   1-3
 |   |  |  | 1-0 Odd Iversen (16) ; 1-1 Jørn Bjerregaard (28)    ; 1-2 Günther Kaltenbrunner (65) ; 1-3 Leopold Grausam (86)
 |  | 
 |   | 26.09.1968 | Rapid Wien - Rosenborg   3-3
 |   |  |  | 1-0 Sven Lindmann (10) ; 2-0 Günther Kaltenbrunner (17) ; 2-1 Odd Iversen (21) ; 2-2 Odd Iversen (34) ; 3-2 Sven Lindmann (80) ; 3-3 Odd Iversen (87)
 |   | 
  
 | Celtic til 2. runde med sammenlagt 4-2 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | St. Etienne - Celtic   2-0
 |   |  |  | 1-0 Salif Keita (15) ; 2-0 Herve Revelli (36)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Celtic - St. Etienne   4-0
 |   |  |  | 1-0 Tommy Gemmel, straffe (44) ; 2-0 Jimmy Craig (59) ; 3-0 Steve Chalmers (66) ; 4-0 Joe McBride (87)
 |   | 
  
 | Spartak Trnava til 2. runde med sammenlagt 5-3 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Steaua Bukarest - Spartak Trnava   3-1
 |   |  |  | 1-0 Carol Creiniceanu (20) ; 2-0 Florea Voinea (30) ; 3-0 Gheorghe Constantin (51) ; 3-1 Ladislav Kuna (75)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Spartak Trnava - Steaua Bukarest   4-0
 |   |  |  | 1-0 Valerian Svec (3) ; 2-0 Jozef Adamec (59) ; 3-0 Jozef Adamec (76) ; 4-0 Jozef Adamec (82)
 |   | 
  
 | Benfica til 2. runde med sammenlagt 8-1 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Valur - Benfica   0-0
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Benfica - Valur   8-1
 |   |  |  | 1-0 Antonio Simoes (4) ; 2-0 Jacinto (7) ; 3-0 Torres (11) ; 4-0 Eusebio (20) ; 5-0 Mario Coluna (27) ; 6-0 Torres (47) ; 7-0 Jose Augusto (48) ; 7-1 Hermann Gunnarsson (68) ; 8-1 Torres (79)
 |   | 
  
 | Manchester United til 2. runde med sammenlagt 10-2 |  |   
 | 
  | 18.09.1968 | Waterford - Manchester United   1-3
 |   |  |  | 0-1 Denis Law (8) ; 0-2 Denis Law (41) ; 0-3 Denis Law (55) ; 1-3 John Matthews (65)
 |  | 
 |   | 02.10.1968 | Manchester United - Waterford   7-1
 |   |  |  | 1-0 Nobby Stiles (37) ; 2-0 Denis Law (41) ; 3-0 Denis Law (47) ; 4-0 Denis Law (60) ; 5-0 Francis Burns (68) ; 5-1 Alexander Casey (69) ; 6-1 Denis Law (71) ; 7-1 Bobby Charlton (84)
 |   | 
  
 | 
  | Røde Stjerne Beograd til 2. runde uden kamp, da Carl Zeiss Jena trak sig
 |  | 
 |   | 31. august 1968 ændrede UEFA den oprindelige lodtrækning på grund af Warszawa-pagtens invasion af Czekoslovakiet. For at undgå polistiske komplikationer ændredes lodtrækningen i de kampe, hvor vest-europæiske hold skulle møde øst-europæiske hold:Ferencvaros - CelticLevski Sofia - AC MilanFC Zürich - Dinamo KievSpartak Trnava - Malmö FFSteaua Bukarest - ABSt. Etienne - Ruch Chorzow
 |  | 
 |   | Følgende hold trak sig dog alligevel: Carl Zeiss Jena, Dinamo Kiev, Ruch Chorzow, Levski Sofia og Ferencvaros
 |   | 
  
 | 
 |